Σύμφωνα με αναφορές του FDA, οι πιο συχνές παρενέργειες της σεμαγλουτίδης περιλαμβάνουν ναυτία, διάρροια, έμετο, δυσκοιλιότητα, κοιλιακό άλγος, φούσκωμα, ζάλη, πονοκέφαλο, δυσπεψία, υπογλυκαιμία, γαστρεντερίτιδα και γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση.

Σε πιο σοβαρές περιπτώσεις, η σεμαγλουτίδη μπορεί να προκαλέσει παγκρεατίτιδα, χολόλιθους, οξεία νεφρική βλάβη, βλάβη στον αμφιβληστροειδή και αυξημένο καρδιακό ρυθμό.

Τα άτομα που λαμβάνουν σεμαγλουτίδη έχουν 4,6 φορές υψηλότερη συχνότητα παγκρεατίτιδας από αυτά που λαμβάνουν άλλα είδη φαρμάκων απώλειας βάρους και σχετίζεται επίσης με αυξημένη συχνότητα γαστροπάρεσης.